Le nom de Bernex tirerait son origine du nom celte Brenay. La configuration de la commune remonte très loin dans le temps. A l'époque celtique, les cours d'eau étaient considérés comme des limites naturelles. Le coteau de Bernex domine un territoire délimité au nord, nord-ouest par le Rhône, au sud, sud-est par la plaine marécageuse de l'Aire et à l'ouest par le nant de Goy, éventuellement l'Eaumorte, selon ce que devraient être les limites de la Campania (Champagne), à l'est par le nant et la forêt de Gilly (Grand-Lancy).
Après les Celtes, les Romains se sont installés à Bernex. Au moyen-âge, un certain nombre de lieux, du côté de Vuillonnex relèvent du chapitre cathédral de Genève. Durant un certain temps, une seule commune réunissait Bernex, Onex et Confignon. Elle fut rattachée à Genève par le traité de Turin en 1816. C'est en 1851 que la commune de Bernex fut créée.
Armoiries
Porte d'or à la montagne de sinople sommée d'une flamme de gueules au chef de sable chargé de trois grappes de raisin d'or, posée en fasce.
Ces armes de composition, adoptées par le Conseil municipal le 30 juin 1922 furent approuvées par le Conseil d'Etat le 18 juillet 1922. La montagne, dont le modèle héraldique particulier a été choisi par la municipalité, rappelle la colline du Signal-de-Bernex.
La flamme symbolise d'abord les feux qu'on y faisait certainement autrefois comme signaux optiques, puis les grappes de raisin représentent l'une des principales cultures de la région.
La Commune de Bernex, alors commune de Bernex-Onex-Confignon fut réunie à Genève par le Traité de Turin du 16 mars 1816.
