Sciaffusa, la quale storia si confonde con quella della città, coniò la propria moneta dal 1045 quando non era ancora altro che una piccola città-stato. 

Un tempo sotto il dominio degli Asburgo, ha riconquistato la sua indipendenza nel 1415 comprando la sua libertà dall'Impero d'Austria. Sciaffusa diventa il dodicesimo cantone a ricongiungersi alla confederazione a partire dal 1501.

Prima di separare le attività con il canton Zurigo, si stabilì come un centro importante dell'industria svizzera con la creazione di un filatoio di cotone meccanico nel 1803.

La città venne bombardata per errore nel 1944, quando le forze statunitensi la confusero con la Germania con cui condivide la frontiera.

Questo cantone del nord attira numerosi turisti con una delle attrazioni più visitate della svizzera che sono le cascate del Reno, tra le più grandi del continente europeo.