Schaffhouse, dont l’histoire se confond avec celle de la ville, frappa sa propre monnaie dés 1045 alors qu’elle n’était encore qu’une petite ville-état. 

Un temps sous la domination des Habsbourg, elle regagna son indépendance en 1415 en achetant sa liberté à l’Empire d’Autriche. Schaffhouse devient le douzième canton à rejoindre la confédération à partir de 1501.

Elle fut, avant de partager son activité avec le canton de Zurich, un haut lieu de l’industrie suisse avec l’établissement d’une filature de coton mécanique dés 1803. 

La ville fut bombardée par erreur en 1944, quand les forces états-uniennes la confondirent avec l’Allemagne dont elle partage la frontière.

Ce canton du nord attire de nombreux touristes avec une des attractions les plus visités de Suisse que sont les chutes du Rhin, qui sont parmi les trois plus grandes du continent européen.